虽然我国的节水灌溉和水肥一体化取得了一定成绩，但在水肥一体化的推广过程中，目前依然存在着诸多问题，主要表现在：
（一）节水灌溉的基础设施薄弱。近几年国家虽然重视水利建设， 并不断加大节水灌溉的投入力度，但水肥一体化的投入成本比较高，并且我国农业基础设施薄弱，农业灌溉设施落后，在全国普及水肥一体化需要相当大的资金投入和政策支持，同时，应用于水肥一体化的水溶性肥成本高，研发力度不足。与巨大的资金缺口相比，我国政府对水肥一体化的支持力度还远远不够。

（二）农民认可程度低。水肥一体化的推广普及离不开农民的支持与配合，但农民由于文化水平限制，种地时有着很强的从众心理和依习惯灌溉施肥，因此，让农民普遍接受到水肥一体化还需要一个过程。
   （三）节水灌溉系统与用肥不匹配。水肥一体化是节水灌溉系统和施肥系统有机结合的整体，目前节水灌溉系统企业和水溶性肥厂家各自为阵，缺乏交流、沟通和协作，没有形成良好配合的体系节水灌溉系统在研发推广时对肥的考虑不足，对适用系统的肥缺乏明确的要求，也缺乏普通肥适用的灌溉系统的研发推广；
（四）水肥一体化系统不适应当地情况。全国各地的水文地理情况、种植情况、灌溉习惯等有很大的不同，在一个地方推广成功的水肥一体化系统在另一个地方就可能出现“水土不服”。
（五）缺乏农化技术人员。由于农业行业属于弱势行业，付出多而待遇低，愿意从事农业行业的人较少，导致农业技术人员非常缺乏。农民在施肥灌溉时也缺乏相关的知识，再加没有 农化人员跟踪服务，水肥一体化出现的各种问题不能及时解决，于是推广普及中就增加了许多困难。